Нью-Йорк переживает волну преступности. Репортер Эйприл О'Нил обнаруживает воров являющихся ниндзя. Уличная банда нападает на Эйприл, она сбегает в канализацию, где её спасают черепашки. От их вида она падает в обморок, и черепахам не остается ничего другого, как отнести её к себе на ...
Лидер клана Фут Ороку Саки (Шреддер) решает вместе со своим партнером Крэнгом из Измерения Икс превратить двух головорезов в мутантов, используя мутаген, который создал Сплинтер. Таким образом Бибоп и Рокстеди превращается в кабана и носорога. При попытке проникнуть внутрь Технодрома его ...
Шреддер нанимает ученого Бакстера Стокмана, потому что его изобретение крысы-роботы, охотники за мышами может помочь ему найти Сплинтера. После первоначальной атаки охотников за мышами, черепахи и Сплинтер идут прятаться в квартире Эйприл.
Шреддер впервые открывает портал в Измерение Икс, откуда появляется компания Нейтрино и двое каменных солдат Крэнга, с которыми сразу завязывают бой Бибоп и Рокстеди. Шреддер останавливает бой и Трагг с напарником на танке отправляются ловить Нейтрино, которые уже познакомились с ...
Шреддер передает сообщение черепахам, демонстрируя генератор обратной мутации, который может превратить Сплинтера обратно в человека. Сплинтер отправляется за ним, а тем временем Шреддер помещает Крэнга в созданное для него тело. Черепахи приходят на помощь Сплинтеру и вступают в сражение ...