Черепахи пытаются остановить банду Дрего от кражи протонного ускорителя, но из-за вмешательства Картера, пришельцам удается уйти. Дреггу нужно это устройство, чтобы восстановить его молекулярный конвертер, но Черепашки должны разгадать истинные намерения Дрегга.