Таинственный молодой человек, который отслеживает передвижения Черепах, хочет тренироваться под руководством Мастера Сплинтера. В это же время, Черепахи гоняются ха господином Дреггом, чтобы остановить его планы по мировому господству.
Черепахи пытаются остановить банду Дрего от кражи протонного ускорителя, но из-за вмешательства Картера, пришельцам удается уйти. Дреггу нужно это устройство, чтобы восстановить его молекулярный конвертер, но Черепашки должны разгадать истинные намерения Дрегга.
Дрегг нанимает инопланетного охотника за головами по имени Медуза, чтобы помочь схватить Черепашек. Черепашкам придется разораться с этой новой угрозой. Между тем, Картер понимает, что он больше мешает, чем помогает.
Черепахи, желающие доказать истинные мотивы Дрегга, оказываются арестованы военной полицией в лаборатории Гипер Дина. Банде Техно удается выкрасть вещество под названием Х-огонь, крайне взрывоопасное топливо. Черепахи также борятся со своими нестабильными мутациями. Между тем, появляется ...
Используя Гипно-передатчик, Дрегг нарушает работу всех телевизионных станций в городе гипнотическим сигналом, который становится постоянным через 20 минут. После того, как Черепашкам удается уничтожить его передатчик, Дрегг решает воссоздать мутаген Черепашек, чтобы сделать свою банду ...
Новый враг появляется в виде одержимого временем Хроноса, который погрузил город в хаос,создав сбой во всех часах. Смогут ли Черепашкии, Эйприл и Картер остановить его, пока не стало слишком поздно?
Дрегг планирует построить Звездный Экран - устройство которое, как утверждает Дрегг, будет защищать Землю от враждебных инопланетных захватчиков.Тем временем, Черепахи с помощью Эйприл и ее мини-камеры надеются разоблачить мошенничество Дрегга. Черепахи также узнают, что Дрегг построил ...
Межпространственное существо по имени Рок прибывает на Землю, чтобы попытаться заполучить мощный кристалл, который находится у лорда Дрегга. Черепашки обнаруживают, что нестабильные мутации заставляют их терять свой разум всякий раз, когда они происходят. В конце концов, Эйприл удается ...