По последнему плану Крэнга, Рокстеди и Бибоп, одетые как пасхальные кролики, поражают людей психотроном, делая их робкими, как кролики. Если луч подействует, Крэнг планирует установить его передачу через микроволны и поразить весь город. Чтобы остановить это, Черепахи должны отыскать ...
Братец Кролик обнаруживает, что у Шреддера есть машина времени, способная отправиться в будущее, где он сможет стать королем преступного мира. Черепахи и Кролик захватывают машину времени и попадают в будущее, где находят старшие версии Черепах, которые теперь на пенсии.
Семейная тайна раскрывается, когда лейтенант Казу Саки прибывает из Японии, чтобы арестовать своего брата Ороку Саки, оказавшегося самым большим врагом черепашек. Шредер и Крэнг отправляются на Технодроме из измерения X на Землю, но Донателло перепрограммирует их на посадку в Арктике.
Повинуясь странным снам, Микеланджело отправляется на поиски Мондо Геко – ящерицы, пойманной в том же измерении, что и Черепашки. В конце концов, Геко восстает против своего хозяина, господина X, и его бомбежек.
Курьер случайно попадает под влияние нового матугена Крэнга и получает способность превращаться в кого пожелает. Шредер использует его для того, чтобы запустить мутагенез в космос и заставить мутировать весь мир, но у Человека-мутанта есть другие идеи.
Донателло угоняет фургон черепашек, но его грабит семейство сельских разбойников. Сможет ли Донателло вернуть фургон раньше, чем об том узнаю его братья?
Когда город сталкивается с внезапным нашествием термитов, единственный герой, который может помочь – Бугимен – слишком занят собой, чтобы посодействовать Черепашкам.
Авария приводит к мутации двух мусорщиков в Макмэна и Джо-глазное-яблоко. Слизь Макмэна способна ослабить Черепашек, и Шреддер готов это использовать в борьбе с ними
Во время тестирования экспериментальной мутационной машины, изобретенной Крэнгом, Шреддер неожиданно превращается Наполеона Бонквака, чудовищную версию самого себя.
Неисправность последнего изобретения Донателло, в конце концов, заставляет Рафаэля поверить, что он должен умереть, и поэтому должен спасти мир от самого себя.
Бакстер Стокман присылает рой мух в попытке покорить Нью-Йорк и доказать свою ценность для Шредера и Крэнга, чтобы снова стать человеком.
Устав от постоянного нахождения в логове, Донателло решает клонировать себя, чтобы работать и над другими своими изобретениями. Однако, клон Донателло оборачивается против него, и присоединяется к Крысиному королю в попытке покорить город с нашествием крыс.
Бибоп и Рокстеди вмешиваются в очередной мутагенный эксперимент, в результате чего Бибоп превращается в Снежного Человека. Шреддер использует этого монстра, чтобы заморозить Нью-Йорк. Но Черепашки доставляют ему достаточно неудобств, не давая выкрасть взрывчатку и освободить Технодром от ...
Уолли-воздушная-голова захватил трех Черепах, а Леонардо придется обратиться к Кейси Джонсу с просьбой о помощи в их спасении.
Используя гипнотический микрофон и динамик, Шреддер захватывает радиостанцию и передает сигнал, который заставляе население Нью-Йорка отправиться в турьму, названную «Пропасть Крэнга».
Последнее исследование Рафаэля в части маскировки приводит к тому, что его принимают за бандита по кличке «Бешеный пес МакМат»
Сумасшедший профессор по имени Майндендер создает робота-полицейского Лекса, чтобы очистить Нью-Йорк от преступности. Но в конечном счете Лекс начинает арестовывать невинных людей за малейшее нарушение. Когда другие Черепахи недоступны, Леонардо должен раскрыть свои собственные врожденные ...
После многочисленных ложных сообщений об инопланетянах Зак, юный друг черепах, отправляется в военный лагерь со своими родителями, чтобы найти двоих реальных пришельцев – Ушастого и Длинноносого – которые промывают курсантам мозги и вербуют их в свою армию. Зак должен вызвать Черепашек, ...
Поляризоид Фрип снова прибывает на Землю со своей семьей и вынужден просит Черепашек о помощи в освоении камеры, которая способна остановить последний план Крэйга по завоеванию города.
Во время посещения египетской выставки Микеланджело ошибочно принимают за фараона по имени "Амон", также известного как "Священная черепаха"
После встречи с мутировавшими быком и кротов Черепашки вместе со своими новыми врагами были доставлены планету Шелри-Ла пришельцем по имени Карма. Наши герои должны помочь защитить эту планету от ужасного двухголового дракона Германа.
Победив ужасного Германа и двух мутировавших зверьков, попавших на Шелри-Ла, Черепашки возвращаются на Землю, где они должн уничтожить новый Технодром II Шреддера.