У Технодрома серьезные потребности в новом оборудовании, Бибоп и Рокстеди отправляются на Землю, переодетые в человеческое обличие, чтобы захватить здание 6-го канала и переместить его к измерение Икс.
Луч-пушка профессора Уилларда увеличивает растения и его домашнее животное обезьяну Джоко, который становится неусправляемым. Используя один и тот же луч, Донателло увеличивается до размера Джоко, чтобы он мог бороться с гигантской обезьяной и спасти от него Эйприл.
Пытаясь увидеть новые игрушки на ярмарке игрушек, Микеланджело притворяется игрушкой. Он узнает о злодее, который хочет запустить роботов убийц в продажу.
Черепахам предстоит бороться с ожившей армией генерала Чанга. Шреддер крадет устройство энергии, имеющий форму гигантской жемчужины, которую охраняет статуя Нефритового Дракона.
Шреддер и Крэнг угрожают всем людям в мире, и предлагают им сдаться, или Крэнг будет постепенно повышать температуру в мире, что приведет к гибели людей. Черепахи получают помощь от генерала Йогурта, чтобы помешать Шреддеру, который начинает раздражаться успехам матери.
Когда генерал Трагг и его войска нападают на нейтрино, руководители нейтрино Зентер и Гизла, посылают их маленькую дочь Триббл через портал на Землю, попросив у черепашек ухаживать за ней, но Триббл вызывает большие неприятности для наших героев.
Миллиардер Монро О. Флем, который также является коллекционером, желает собрать каждую вещь связанную с черепашками, в том числе Эйприл и черепах.
Большой звезда Голливуда Рондо прибывает в Нью-Йорк, чтобы продвигать свой новый фильм. Микеланджело узнает, что его любимый герой, на самом деле трус. В это время, Шреддер и Крэнг украли экспериментальное вещество Виталайзер, которое может неодушевленные предметы из кино сделать живыми.
Шреддер и Крэнг крадут персональный излучатель энергии, черепахи должны спасти Землю от массивной утечки энергии, путешествуя в другое измерение, они встречают черепах выглядящих по другому.
Бибоп и Рокстеди выбрасывая мусор через портал из измерения икс на Землю, случайно выбрасывают устройство управляющее расщепителем материй, под видом синтезатора. Он попадает в руки Хоуи, тот при помощи игры на синтезаторе нейтрализует действия расщепителя.
Хоуи купил старый дом оперы с целью превращения его в ночной клуб. Скачок напряжения в органе Флокси, становится опасно мощным. Только черепашки и Хоуи смогут остановить его. Черепахи должны бороться с фантомом Флокси, в это время Шреддер планирует получить Технодром обратно на Землю.
Спасатель выходит на пенсию после 50 лет, но Шреддер и Крэнг возвращают ему былую славу.
Крэнг отправляет на Землю Шреддера, капитана Крулика и Гриллакса. Они обрабатывают пиццу омолаживающей сывороткой Крэнга, тем самым превращая Микеланджело и Леонардо в детей.
Мстительный Бакстер Стокман и его компьютер возвращаются на Землю. Он хочет отомстить Черепахам и Шреддеру.
Из дом смеха пропадают комики, туда отправляется Рафаэль. Он сам становится комиком, и его похищают люди Пинки Мак Фингерса. Там Рафаэль встречает брата Бакстера Стокмана, Барни Стокмана которого нанял Пинки Мак Фингерс, тот в свою очередь изобрел смехо-повышатель, при помощи которого ...
Бибоп и Рокстеди крадут световой пистолет, который делает всех людей боящимися всего на свете.
Рафаэль выигрывает пригласительный билет на круиз посвященный день рождению Мак Дональда Крампа. Яхта входит в силовое поле и оказывается в заложниках у капитана Филтча. Рафаэль встречает женщину ящерицу Мону Лизу, только они смогут остановить Филтча.
Бибоп и Рокстеди используют новый мутаген Крэнга на домашнем животным Бибопа черепахой Слэшом, чтобы он мог выполнять работу по дому вместо них.
Сплинтер оставляет за старшего Леонардо, он заставляет тренироваться черепашек. Черепашкам не нравится, что Леонардо очень серьезный. Донателло создает лучь-пушку, из-за нее Леонардо становится беззаботным и игнорирует свои обязанности. Тем временем Маэстро Глеф разрушает город своей ...
После многих неудачных попыток найти пищу, для своих подданных, Крысиный король узнает о заброшенной канистре с мутагеном. Затем он похищает Ирму и Вернона и использует мутаген, чтобы превратить их в его мутантов рабов, с единственной целью рейдерства продовольственных складов. Он позже ...
Альбот Брич коллекционер маленьких кораблей, он сам уменьшает корабли военно-морского флота. Во время серфинга Микеланджело тоже уменьшается и попадает в коллекцию. В это время Эйприл и Вернон при съемки авианосца, тоже попадают в коллекцию.
Существо из измерения Икс по имени Зипп отправляется на Землю, но этот маленький инопланетянин скоро станет большой проблемой для города.
Донателло изобретает машину, которая может заморозить время. Сумасшедший профессор Ллойд ворует ее, чтобы захватить мир.
В кошмарном сне Лотос видит, как кто-то говорит, что она принадлежит ему. Черепашки находят погребальную урну, в который сидит злой дух Хакахачи, он говорит, что в Лотос дух его жены.
Сумасшедший ученый доктор Полидориус создает луч, который может превращать людей в человекоподобных-рыб, при помощи луча он создает Рэя. Рэй похищает Эйприл и Полидориус превращает ее в рыбу-женщину, чтобы она была помощником Рэя.
Самый богатый человек в мире, доктор Хангер Дангер объявляет конкурс на лучшего супергероя. Победитель получит огромный бриллиант. Шреддер и Крэнг регистрируют Бибопа и Рокстеди на конкурс, чтобы выиграть алмаз. Черепахи удивлены, когда они встречают супергероев конкурсантов, таких как ...
Микеланджело встречает своего любимого героя комиксов после того, как он спасает ослабленного Брика Брэдли он же и есть Багман, а затем он и Багмен отправляются бороться с Электро Зактером.
Черепашки должны нянчиться и защищать молодую богатую девочку по имени Баффи, которая знает формулу для супер топлива, в котором нуждается Крэнг.
Микеланджело вместе со своим голубем Питом должен спасти других черепах, они захвачены злым ученым доктором Лесо, который при помощи мутационного лазера создал необычных зверей.
У Шреддера есть план, уничтожить черепашек, но портал Технодрома находится вне связи, он не в состоянии бросить вызов на Земле, поэтому он использует пространственную телепортацию, чтобы привести его врагов в измерение Икс.
Донателло получает ученую степень от университета Софо, но обнаруживает, что там ошиблись и диплом должна получить мисс Донателло, поэтому он просит Ирму притвориться собой. В это время, реальный Донателло обнаруживает заговор профессора Софо, чтобы уничтожить Землю.
Черепахи перешли на другую сторону и обнаружили, что за чередой похищений запонок, накрывшей Нью-Йорк, стоит Шреддер.
Когда скачок напряжения в игровом аппарате освобождает Темпестру, Леонардо приходится пойти против её цифрового гнева, пока он не набрал опасную мощь.
Сплинтер внезапно исчезает, а оставленная им записка заставляет Черепашек отправиться разными дорогами. Однако, одного за другим, их захватывают Крысиный король и Кожеголовый.
Машина под названием «Трансмограф» обменивает мозги Рафаэля и таксиста. Позже обнаруживается, это маленький дефект в этом устройстве при активации может нанести городу огромный ущерб.
Машина под названием «Трансмограф» обменивает мозги Рафаэля и таксиста. Позже обнаруживается, это маленький дефект в этом устройстве при активации может нанести городу огромный ущерб.
Неудавшийся мутагенный эксперимент привел к нашествию гигантских насекомых и пауков на Нью-Йорк.
Неудавшийся мутагенный эксперимент привел к нашествию гигантских насекомых и пауков на Нью-Йорк.
Леонардо, помогающего Эйприл со статьей о гигантских монстрах, атакующих сельские угодья, ошибочно принимают за пришельца с другой планеты. Черепахе предстоит в одиночку избежать собственной гибели и в то же время спасти Эйприл от безумного ученого.