Черепахи узнают как сильно ослаб Сплинтер, он пострадал во время битвы с Шреддером.
Черепахи смотря тв-шоу узнают, что телеведущий изображает своих героев, как угрозу для общества. Черепахи воздерживаются публично очистить своё имя, чтобы победить Крэнга и его новое роботизированное оружие.
Ирма случайно становится гигантской, и её естественно неуклюжий характер делает её опасной для города. Черепахи и Эйприл О'Нил скрывают её и ищут лечение.
Гангстеры cметают весь антиквариат в городе. И когда они украли большую часть наших героев, Донателло и Эйприл выясняют причину. Может во всем виноват Шреддер?
Черепахи взлетают, когда Шредер изобретает устройство изменяющее гравитацию. Вскоре она распространяется на поверхности и влияет на весь Нью-Йорк.
Шреддер и Сплинтер меняются телами, когда устройство случайно активируется во время битвы между черепахами и их врагами. Шреддер планирует обмануть черепах и покончить с ними. Черепашки и Сплинтер пытаются заманить Шреддера, чтобы Сплинтер вернул своё тело.
В середине летней жары, кто-то разрушает все кондиционеры и захватывает все фреоны города. В то же время, Вернон и Берн ищут черепах, но находят что-то еще.
Мальчик по имени Зак изо всех сил старается помочь черепахам, но с некоторыми не так оптимальными результатами. В конце концов, он показал себя очень полезным для команды черепах.
Загадочный человек обитает в канализации, имеет возможность держать крыс под своим контролем. Может ли Сплинтер сопротивляться его силе, или он уничтожит черепах под воздействием крысиного короля?
Живой динозавр блуждает по городу и исчезает внезапно, черепахи следуют за ним, следы ведут в большое отверстие, где они обнаруживают шокирующие откровение: Земля, где бродят динозавры. Между тем Шреддер, Бибоп и Рокстеди здесь же пытаются собрать кристалл, необходимый для зарядки ...
Император Алистер из Малакурии прибывает в США с образцом Малакуриан 19, Крэнг понимает что это способ подачи питания на Технодром, который имеет постоянные нарушения энергоснабжения. Чтобы отпраздновать отношения между Малакурией и США, император принимает бал-маскарад в Нью-Йорке, но ...
Робот воин, известный как мобильный бронированный компьютеризированный боец, перемешается от 400 лет из будущего в 20-е века в Нью-Йорк. Он дружит с черепахами, но Шреддер и Крэнг ищут его, чтобы переманить на свою сторону, при помощи перепрограммирования.
Шреддер получает во владение древний меч ниндзя, который создан из металла космического происхождения, что позволяет проходить сквозь измерения.
Крэнг и Шреддер придумали план, чтобы избавиться от черепах из канализации, город затоплен водой из океана.
Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро выиграет, Леонардо сомневаясь в своём руководстве, принимает решение уйти на некоторое время. Между тем, Крэнг и Шреддер забирают солнечную энергию от солнца для двойной цели питания Технодрома и для создания на Земле ледникового периода. Без Леонардо, ...
Шишка на голове Леонардо, заставляет его думать, что он находится в семнадцатом веке во Франции, а его товарищи мушкетеры.
Шреддер перепрограммирует новый суперкомпьютер для сбора городского мусора, чтобы собрать черепах. Но когда Шреддер не устанавливает определение черепах ниндзя, суперкомпьютер собирает черепах всех видов! Черепахи из города любой формы и размера не являются безопасными для Шреддера.
Шреддер считает, что он Микеланджело после компьютерного сбоя.
Инопланетяне похитили Донателло и Рокстеди.
Визит на землю пришельца с фотокамерой приводит к хаосу. Шреддер и Эйприл попадают во внутрь камеры иностранца, потому что она делает больше, чем просто снимки.
Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить черепашкам и Шреддеру. В это время наши герои пытаются остановить план Шреддера, выкачать воду из подземного резервуара.
Шреддер и Крэнг изобретают любовный напиток, который заставляет Леонардо, Рафаэля и Микеланджело влюбится в Ирму, а Рокстеди в Эйприл. Донателло создает антидот.
Нетерпеливый паренек вызывает переполох в городе, в то время как Шреддер и Крэнг берут под контроль все машины в городе. Может быть, этот новый "герой" может помочь черепашкам.
При аварии поездов, смешиваются два компонента из разных поездов и получается мутаген, из лужи с мутагеном пьют два быка. В результате получается мутагеновый монстр.
Корпорация «Чернила осьминога» похищают работников других корпораций. Кейси Джонс помогает черепахам раскрыть, кто стоит за новой волной корпоративной преступности.
Микеланджело устраивается на работу по доставке пиццы. Но он еще не знает, кто его новый хозяин?
Шреддер и Крэнг производят роботов Рокстеди и Бибопа. В это время настоящие Рокстеди и Бибоп устанавливают передатчик управляющий людьми, в верхней части башни радиопередачи в здании 6-го канала.
Крэнг нанимает ниндзя война, чтобы победить черепах, Шреддер заменен.
Сплинтер страдает амнезией, черепахи пытаются напомнить ему, что он является истинным лидером клана Фут.
Наши старые друзья панк-лягушки, которых терроризируют мутант аллигатор из Эверглейдс во Флориде. Кожеголовый объединяется с Шреддером в бою против лягушек и черепах.
В день рождения Микеланджело, ни один из братьев не поздравил его, и это расстроило его сильно. В то же время, Шреддер и Крэнг узнают, что "анти-мутаген" может отменить мутацию, после тестирования его на трех солдатах. Шреддер, Бибоп и Рокстеди отправляются с мутагеном, чтобы использовать ...
Кролик воин из альтернативного измерения теряется в нашем мире. В то время как черепахи помогают ему приспособиться, Шреддер крадет яйцо дракона.
Кто-то крадет все кимоно в городе. После того, как любимый кимоно Сплинтера украден, знаменитый сыщик тетя Эйприл помогает черепахам найти его.
Шреддер обманом заставляет Усаги Юджимбо вступать в борьбу с черепашками.
Шреддер и Крэнг изобретают металлическую голову, роботизированная боевая машина запрограммированная на поиск и захват черепах.
Кожеголовый направляется в Нью-Йорк, чтобы отомстить черепашкам. Он бежит в канализацию, тем времен крысиный король украл грузовик химических веществ и планирует превратить граждан Нью-Йорка в безмозглых зомби, так что его приспешники крысы могут управлять городом. Черепашки и Эйприл ...
Ирма похищена Бибопом и Рокстеди, её заменяют роботом, который выглядит так же, как и она. Робот запрограммирован, на убийство черепах.
Черепашек обвиняют в ограбление, кто-то похитил бесценный изумруд во время магического акта, которым управляет волшебник по имени Болдини.
Старший брат Зака, Уолт крадет редкий мешочек, содержащий единственную карту, которая показывает направление в логово черепашек.
Бибоп и Рокстеди переодеваются в бабушку и грабителя, черепахи помогают Бибопу и он дает им печенье, это печенье не простое оно превращает в людей.
Домашнее животное Калы, Грибикс, если его накормить, он превращается в ужасного монстра. Он ускользает из измерения Икс через портал на Землю, вызывая проблемы черепахам.
Озорной комик из измерения Зэд, убегает на Землю, чтобы нанести большие неприятности черепахам.
Черепахи попадают в альтернативную вселенную, в которой они думают, что их некогда не существовало, а Шреддер правит городом как император.
Бакстер Стокман находит в древнем храме космический корабль с управляющим компьютером, с его помощью он хочет уничтожить черепашек и Шреддера.
После нескольких неудачных попыток поднять Технодром на поверхность, Шреддер и Крэнг отвлекают черепах. В это время Бибоп и Рокстеди воруют энергию топливных элементов из исследовательского центра.
Технодром поднимается на поверхность, только черепашки могут помешать Шреддеру и Крэнгу.
После нескольких неудач, Шреддер и Крэнг крадут все электричество в Нью-Йорке и заряжают Технодром, предназначенный для отправки на Землю измерения Икс. Черепахи должны победить своих врагов, раз и навсегда, прежде чем Земля разрушится.