Шреддер возвращается из Измерения Икс. Пока он себя не проявит, Крэнг отказывает ему в любой помощи - как своими солдатами, так и подручными Шреддера. Шреддер идет в школу каратэ где захватывает власть и учит студентов, как совершать преступления. Для очернения репутации черепах, он ...
Черепахи ищут фрагменты глаза Сарнот, кристалла с невообразимой силой. После нахождения первого фрагмента, Шреддер крадет его и использует, чтобы уменьшить черепах. Теперь Сплинтер и Эйприл О'Нил должны вмешаться. Эйприл может увеличить черепах, но наши герои теряются, Шреддер убегает с ...
Узнав, что рост растения мутанта ускоряется при помощи первого фрагмента глаза Сарнот, Шреддер распространяет его по городу, чтобы напасть на черепах. Между тем, Эйприл заманил в ловушку Шреддер, и сразу же захватил. Тем не менее, черепахи переодеваются доставщиками пиццы и освобождают ...
Найдя второй фрагмент глаза Сарнот, Шреддер использует его в качестве источника питания для суперкомпьютера по имени Омнис, в надежде открыть портал в измерение икс. Между тем, черепахи должны иметь дело с машинами, которые вдруг выходят из строя по всему городу.
Шреддер собирает глаз Сарнот, присоединяет его к шлему, и планирует раскрыть свою власть миру. Тем не менее, когда черепахи вмешиваются, шлем попадает в другие руки.
Крэнг посылает яйца существ, которые выглядят как фрикадельки, чтобы убить черепах. Бакстер Стокман устраивает конкурс, так что он и Шреддер могут поставить смертоносные пиццы черепахам. Тем не менее, из-за нетерпеливых клиентов черепахи в конечном итоге получают обычные пиццы, а пиццы ...
Шреддер получает назад Бибопа и Рокстеди, его приспешников в обмен на Бакстера. Крэнг пытается уничтожить Бакстера, но в кабину по уничтожению залетает муха, и Бакстер мутирует в муху.
У Шреддера заканчивается мутаген, Крэнг посылает канистру, что попадает в Эверглейдс в связи с проблемами портала. Шреддер видит мутагенную канистру сломанной, и созданных четырех мутантов лягушек, с которыми он дружит и заставляет их совершить грабежи, а также ненавидеть черепах. ...
Донателло разрабатывает лекарство, чтобы сделать Мастера Сплинтера снова человеком. Между тем, Шреддер планирует открыть портал в измерение Икс.
Робот полицейский Рекс-1, помогает Эйприл и черепахам победить злобную армию роботов полицейских под контролем Шреддера.
Нейтрино возвращаются на Землю после разбирательства со Шреддером и Крэнгом. Тем временем Шреддер и Крэнг пытаются избавиться от черепах при помощи нейтрализатора разума. У Шреддера интерес к способностям кристалла в машине, он хочет открыть портал и пытается заполучить в свои руки ...
Нелепый случай, из-за транспортера Эйприл превращается в женщину-кошку. Ирма отвечает черепахам для того, чтобы спасти её.
В то время как Сплинтер уходит на уединение, черепахи должны попытаться остановить Технодром, от возвращения на землю.